الفوائد الصحية التي يجنيها الإنسان من استيقاظه لصلاة الفجر كثيرة، منها:

1-     تكون أعلى نسبة لغاز الأوزون (O³) في الجو عند الفجر، وتقل تدريجياً حتى تضمحل عند طلوع الشمس؛ حيث ثبت حديثاً أن غاز الأوزون - وهو أحد نظائر الأكسجين الموجود في طبقات الجو العليا لحماية الأرض من بعض الإشعاعات الضارة - ينزل إلى الطبقات الدنيا الملامسة لسطح الأرض عند الفجر ثم يرتفع مع شروق الشمس، وقد دهش الأطباء لآثاره العلاجية العجيبة؛ فهو يعالج الكثير من الأمراض النفسية والجسدية وليس له أية آثار جانبية، ولهذا الغاز تأثير مفيد للجهاز العصبي ومنشط للعمل الفكري والعضلي؛ بحيث يجعل ذروة نشاط الإنسان الفكرية والعضلية تكون في الصباح الباكر، وقد ثبت أن حقن الأوزون يمكن أن تعطي الجسم نشاطاً هائلاً وتشعره بسعادة كبيرة؛ ولهذا يستشعر الإنسان عندما يستنشق نسيم الفجر المسمى بريح الصبا لذة ونشوة لا شبيه لها في أي ساعة من ساعات النهار أو الليل.

2-     إن أشعة الشمس عند شروقها قريبة إلى اللون الأحمر، ومعروف تأثير هذا اللون المثير للأعصاب والباعث على اليقظة والحركة، كما أن نسبة الأشعة فوق البنفسجية تكون أكبر ما يمكن عند الشروق وهي الأشعة التي تحرض الجلد على صنع فيتامين (د) اللازم لنمو الجسم.

3-     الاستيقاظ الباكر يقطع النوم الطويل، وقد تبين أنَّ الإنسان الذي ينام ساعات طويلة وعلى وتيرة واحدة يتعرض للإصابة بأمراض القلب وخاصة مرض العصيدة الشرياني Atherosclerosis الذي يؤهب لهجمات خناق الصدر؛ لأنَّ النوم ما هو إلا سكون مطلق، فإذا دام طويلاً أدى ذلك لترسب المواد الدهنية على جدران الأوعية الشريانية ومنها الشرايين الإكليلية القلبي Coronarya، ولعل الوقاية من عامل من عوامل الأمراض الوعائية هي إحدى الفوائد التي يجنيها المؤمنون الذين يستيقظون في أعماق الليل متقربين لخالقهم بالدعاء والصلاة، قال تعالى في سورة الفرقان: (وَالَّذِينَ يَبِيتُونَ لِرَبِّهِمْ سُجَّداً وَقِيَاماً {64}) (الفرقان).

4-     من الثابت علمياً أن أعلى نسبة للكورتيزون في الدم هي وقت الصباح؛ حيث تبلغ(7-22) مكروجرام/ 100 مل بلازما، وأقل نسبة له تكون مساءً حيث تصبح أقل من(7) ميكروجرام/ 100 مل بلازما، من المعروف أن الكورتيزون هو المادة الفعالة التي تزيد فعاليات الجسم وتنشط تقلباته بشكل عام، ويزيد نسبة السكر في الدم الذي يزود الجسم بالطاقة اللازمة له.